Σύμφωνα με κάποιους ερευνητές, η μονή αυτή ανεγέρθηκε μεταξύ 1879 και 1882, ενώ, σύμφωνα με άλλους, πρέπει να κτίστηκε γύρω στο 1890.
Η παράδοση κάνει λόγο για την ύπαρξη αρχαίου βωμού στη θέση της. Πρωτεργάτης και διοργανωτής της ανέγερσής της ήταν ο χατζη-Μαργαρίτης από το Dolno Raykovo, ο οποίος , ώς το θάνατό του, το 1891, φρόντιζε το ναό και υποδεχόταν τους προσκυνητές. Ο τάφος του βρίσκεται δίπλα στο νότιο τοίχο της εκκλησίας.
Μετά το 1912, η μονή του Αγίου Αθανασίου εντάχθηκε διοικητικά στην ενορία του Αγίου
